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BINDIR = $(PROJECTDIR) -CC = gcc -CPPC = g++ -CFLAGS = -O3 -g -Wall +#CC = gcc +CPPC = ${CXX} +#CFLAGS = -O3 -g -Wall LDFLAGS = -lm DEPEND_FILES = *.cc *.c *.h @ 1.1.1.1 log @Initial import of glimmer, one of the many packages provided by brook at biology dot nmsu dot edu and his team at NMSU. Glimmer (Gene Locator and Interpolated Markov Modeler) is a system for finding genes in microbial DNA, especially the genomes of bacteria and archaea. Glimmer uses interpolated Markov models (IMMs) to identify the coding regions and distinguish them from noncoding DNA. The IMM approach uses a combination of Markov models from 1st through 8th-order, weighting each model according to its predictive power. @ text @@